なぜスレッド処理をするとインタプリタが落ちるのか原因がわかった。

Thread safety

use encoding ... is not thread-safe (i.e., do not use in threaded applications).

http://search.cpan.org/~dankogai/Encode-2.37/encoding.pm

Linux上のPerlで実行するとセグメンテーション違反になる。どうやら既知の問題だったらしい。